A hajósi római katolikus templom története szorosan kötődik a település hajdani kegyuraihoz a kalocsai érsekek sorához, akik közül az első gróf Csáky Imre. Az ő nevéhez fűződik 1715 -től Hajós újkori betelepítése, a több hullámban érkező württenbergi Bussen – hegy környéki német anyanyelvű lakossággal. Már a 18. század első harmadában jelentős fontosságú település, plébániája pedig anyaegyháza volt a környékbeli németajkú, újonnan szerveződő községeknek.
A Szent Imre templom fő ékessége a feltehetően Michael Erhart ulmi mester műhelyéből származó késő gótikus Szűz Mária kegyszobor. Az óhazában nagy tisztelettel övezett szobor az utolsó betelepültekkel, elsősorban Anna Maria Hall asszonnyal érkezett, ” kísérve” népét az új hazába.
Csáky érsek 1728 -ban igényesen tervezett barokk templomot alapított, és az ideérkező nagyszámú zarándok rövidesen igényelte a templom átépítését. Az imameghallgatások és csodás gyógyulások eredményezték az 1749 -es, majd az 1752 -es egyházi kivizsgálást. Klobusiczky Ferenc kalocsai érsek látva a hiteles kegyelmi történéseket 1752 -ben új, rokokkó stílusú főoltárral ajándékozta meg Hajós templomát, és elhelyezte rajta – tisztelete jeléül- Szűz Mária kegyszobrát a gyermek Jézussal.
E század végén, 1794 -ben gróf Kolonics László érsek kezdeményezésére VI. Pius pápa kegyhellyé nyilvánította a templomot.
Haynald Lajos bíboros- érsek neoklasszicista oldalhajókkal kibővíttette a közel ötezres lakosság számára, az akkor már mezőváros templomát. Az érsekek támogatása mellett nagy gondot fordított a templombelső berendezésére Troll Ferenc pécsi kanonok, mint a város szülötte.
Az 1724 -es egyházközségi élet megindulásától 1993 -ig a Kalocsa – Bácsi Főegyházmegye érsek-főpásztorai gondoskodtak a plébánia és kegyhely lelkipásztori ellátásáról, gyakran látogatva a májusi főbúcsút. 1976 -ban, Ijjas József érsek – a kegyszobor megérkezésének 250. évfordulója alkalmából – Sz. Tóth Imre plébánost nevezte ki azzal a nem titkolt szándékkal, hogy Hajós időközben súlyosan megrongálódott templomát renoválja, és tegyen lépéseket a kegyhely felvirágoztatására. Sz. Tóth plébános ideje alatt valósult meg a templom külső-belső felújítása, és elindult az országos hírnévnek örvendő Ifjúsági Búcsú. A magyarországi kommunizmus utolsó évtizedében a plébános emiatt nagy zaklatásokat szenvedett el.
1993 – 2011 között a magyar Verbita Rendtartomány kapott megbízást a plébánia ellátására.
A távozó verbitáktól 2011 -ben vette vissza a plébániát a Főegyházmegye.
A templom, mint Hajós város temploma ma is betölti funkcióját, mint az egyházközség liturgikus életének és spirituális programjainak helyszíne. A belső tér kiváló akusztikája miatt alkalmas egyházzenei koncertek rendezésére, valamint a templom műemlék Angster orgonájának művészi megszólaltatására.
A templom, mint épület utal az Egyházra, Krisztus titokzatos testére, és arra a nagyszerű valóságra, hogy a megkeresztelt ember lelke Isten temploma, csodálatos találkozások színhelye.
A mai meghatározó körülmények között, szűkebb környezetünkben is vállalkozunk arra, hogy építsük Isten országát egyéni és közösségi szinten, képviselve a katolikus egyházat annak reményében, hogy az evangélium tanítása a világosság forrása.
A Szent Imre templom 1728-ban épült barokk stílusban egy romos klastrom helyén, az érsek segítségével építették a helybéliek. 1879 – Haynald Lajos bíboros-érsek 2 oldalhajóval bővítette a templomot. Főoltárán Szűz Mária fából készült 1 méter magas szobra található, amelyet az Óhazából hoztak magukkal a betelepülők. A templom mellett található a Plébánia épülete, mely országos műemlék, a 19. század elején épült klasszicizáló késő barokk stílusban. Plébánia melletti gondozott parkban található a kálvária, 1881-ben épült, 1933-ban Stációk fülkéibe pécsi Zsolnay-gyárban készült színes kerámia-domborműveket helyeztek.
A templom toronyában 1926 óta három harang lakik. A Szűz Mária harang, a Szt. István harang, a Nepomuki Szt. János harang, a kis Szt. Imre lélekharang.
